Kyōkai no kanata narre les péripéties d’un jeune homme mi-humain mi-yomu (une sorte d’esprit spirituelle) répondant au nom d’Akihito Kanbara.

Akihito Kanbara est un jeune lycéen âgé d’une quinzaine d'années. Passionné par la littérature, il est un membre actif du club de littérature de son lycée.
Différent des autres jeunes hommes de son âge, Akihito est à la fois mi-humain et mi-yomu.
Cette fascinante combinaison a permis à notre héros de posséder l’incroyable faculté de régénérer instantanément ses cellules, le rendant ainsi presque invincible, voire immortel.

La vie de d’Akihito Kanbara bascule le jour où il sauve une jeune fille répondant au nom de Mirai Kuriyama.
Cette dernière, scolarisée dans le même établissement que Akihito, désirait mettre fin à ses jours pour une obscure raison.
Il s'avère finalement qu'à l’instar de Akihito, elle possède également d’étranges pouvoirs spirituels.
En effet, Mirai détient la surprenante faculté de manipuler le sang à sa guise, un pouvoir jugé particulièrement dangereux et néfaste par les hautes instances du monde des esprits.

De ce fait, Akihito s'embarquera bien malgré lui dans une sombre histoire.