L'histoire débute en mai 2006.

Satoru Fujinuma, 29 ans, est employé comme livreur dans une pizzeria. Mais ce travail ne lui sert qu'à gagner sa vie en attendant de pouvoir réaliser son rêve : devenir mangaka. L'ennui, c'est qu'il se heurte toujours au même reproche : il ne s'investit pas assez dans son travail.
En effet, le jeune homme est peu sociable et peine à s'impliquer émotionnellement dans ses oeuvres car il a peur de s'exposer au regard des autres. Il est d'ailleurs persuadé d'être une personne totalement dénuée d'intérêt.
Pourtant, Satoru possède un don exceptionnel : lorsqu'une catastrophe est sur le point de se produire, il est projeté quelques minutes dans le passé afin de sauver le plus de vies possible.

Un jour, le phénomène se produit alors qu'il est en pleine livraison et il comprend qu'un camion va percuter un enfant. Grâce à son don, Satoru le sauve mais est lui-même accidenté et est envoyé à l'hôpital.
A son réveil, il se rend compte qu'il a rêvé du passé et plus particulièrement de Kayo Hinazuki, une petite fille qui vivait près de chez lui et qui aurait été assassinée quand il était enfant.

Mais la résurgence de ces souvenirs est-elle dû à l'accident, au fait que le meurtrier soit bientôt exécuté ou à tout autre chose ?